16S/18S/ITS等擴(kuò)增子測(cè)序
（16S/18S/ITS Amplicon Sequencing）
技術(shù)概述
微生物多樣性測(cè)序，又稱擴(kuò)增子測(cè)序，是對(duì)特定長(zhǎng)度的PCR產(chǎn)物或者捕獲的片段進(jìn)行測(cè)序，分析序列中的變異。16S/18S/ITS等擴(kuò)增子測(cè)序即通過提取環(huán)境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴(kuò)增16S/18S/ITS的某一或某幾個(gè)區(qū)，使用Illumina MiSeq將目的區(qū)域正反向讀通，通過檢測(cè)目的區(qū)域的序列變異和豐度，對(duì)環(huán)境樣本物種分類及豐度，種群結(jié)構(gòu)，系統(tǒng)進(jìn)化，群落比較等方面信息進(jìn)行分析的研究方法。
16S rDNA：是細(xì)菌分類學(xué)研究中常用的“分子鐘”，其序列包含9個(gè)可變區(qū)（Variable region）和10個(gè)保守區(qū)（Constant region）。可變區(qū)因細(xì)菌而異，且變異程度與細(xì)菌的系統(tǒng)發(fā)育密切相關(guān)。通過檢測(cè)16S rDNA的序列變異和豐度，可以了解環(huán)境樣品中群落多樣性信息?；?6S rDNA的分析在微生物分類鑒定，微生態(tài)研究等方面起到重要作用。
18S rDNA測(cè)序：18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rDNA的DNA序列，具有9個(gè)保守區(qū)域和8個(gè)可變區(qū)域，對(duì)18S rDNA某個(gè)高可變區(qū)進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境微生物中真核微生物的群落結(jié)構(gòu)多樣性。系統(tǒng)發(fā)育研究中較適用于種級(jí)以上階元的分類。
ITS測(cè)序：ITS（Internal Transcribed Spacer）分為兩個(gè)區(qū)域，ITS1和ITS2；ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之間；對(duì)ITS1或ITS2進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境微生物中真菌群落結(jié)構(gòu)多樣性。系統(tǒng)發(fā)育研究中利用它可研究種及種以下的分類階元。
技術(shù)詳情
聚生物技術(shù)詞條修善計(jì)劃
對(duì)現(xiàn)在的詞條不滿意？或者您有關(guān)于該技術(shù)的獨(dú)特見解，最新發(fā)展資訊？都可以投稿給聚生物。一經(jīng)采用，您對(duì)該詞條的貢獻(xiàn)將被聚生物所有用戶所看到。
投稿參加技術(shù)詞條修善計(jì)劃